Mostrarei aqui um script para fazer upload para vários arquivos, nesse exemplo são até 5 arquivos.

<?php
/* pegamos na função todos os campos */
function uploadProg($filename1, $filename1_name, $filename2, $filename2_name, $filename3, $filename3_name, $filename4, $filename4_name, $filename5, $filename5_name){
/* qual pasta vão as fotos */
$destination="fotos";
/* início das mensagens de confirmação de foto enviada */
if(@copy($filename1,$destination."/".$filename1_name)) {
echo "$filename1_name enviado com sucesso.<br>";
}
if(@copy($filename2,$destination."/".$filename2_name)) {
echo "$filename2_name enviado com sucesso.<br>";
}
if(@copy($filename3,$destination."/".$filename3_name)) {
echo "$filename3_name enviado com sucesso.<br>";
}
if(@copy($filename4,$destination."/".$filename4_name)) {
echo "$filename4_name enviado com sucesso.<br>";
}
if(@copy($filename5,$destination."/".$filename5_name)) {
echo "$filename5_name enviado com sucesso.<br>";
}
}
function main() {
?>
<!-- formulário de envio //-->
<table border=0>
<form name=form1 method="post" action="teste.php" enctype="multipart/form-data">
<tr>
<td><input type="file" name="filename1" size="50" tabindex="1"></td>
</tr>
<tr>
<td><input type="file" name="filename2" size="50" tabindex="2"></td>
</tr>
<tr>
<td><input type="file" name="filename3" size="50" tabindex="3"></td>
</tr>
<tr>
<td><input type="file" name="filename4" size="50" tabindex="4"></td>
</tr>
<tr>
<td><input type="file" name="filename5" size="50" tabindex="5"></td>
</tr>
<input type="hidden" name="action" value="uploadProg">
<tr><td colspan=2 align=center><input type="submit" value="Enviar" tabindex="6"></td>
</tr></form>
</table>
</body>
</html>

<?php
}
switch ($action){
default:
main();
break;
case "uploadProg":
if ($filename1=="none") {
echo "nenhum arquivo selecionado....";
break;
}
uploadProg($filename1, $filename1_name, $filename2, $filename2_name, $filename3, $filename3_name, $filename4, $filename4_name, $filename5, $filename5_name);
break;
}
?>