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Nessa query abaixo, mostro como deletar linhas em duas tabelas distintas MySQL, mas com uma coluna em comum.

Por exemplo, você tem as seguintes tabelas:

usuario
id, id_usuario, nome

dados
id, id_usuario, foto

Note que ambos banco de dados tem colunas iguais, id_usuario, nesse caso, se você for apagar um usuário na tabela usuario, o ideal é que apague também os dados dele na tabela dados.

A query para isso fica assim:

DELETE FROM usuario, dados
USING usuario
INNER JOIN dados USING(id_usuario)
WHERE usuario.id_usuario='idpassado'

Dessa forma você apaga os dados do usuário nas duas tabelas ao mesmo tempo.