Estou deixando aqui um exemplo de uma estrutura padrão de um documento em PHP que use include. Observe os comentários.
<?php
//////////////////////// PARTE 1 /////////////////////////
// include para header, session_start(), criação de COOKIES
// processamento de formulários, conexões e requisições de query MySQL
//////////////////////// PARTE 1 /////////////////////////
include("");
?>
<html>
<head>
<title></title>
<!-- scripts, css, etc...//-->
</head>
<body>
<?php
//////////////////////// PARTE 2 /////////////////////////
// observe que você já incluiu o head no documento
// portanto, seu arquivo que será incluído agora, não poderá repetir novamente esses dados
// além de não ser necessário no documento incluído nada da PARTE 1, já que já tem no documento
//////////////////////// PARTE 1 /////////////////////////
include("");
?>
</body>
</html>